バイオ分子構造とダイナミクスのコンピュータ支援モデリングの新しい方法論 2. 局所変形とサイクル

バイオ分子システムの立体構造モデリングのための新しい方法論が、鎖状分子の局所変形と柔軟な分子リングに拡張されました。これら二つのケースは、定常的な木構造トポロジーを持つ同等の分子モデルを考慮することに還元できることが示されています。特に、炭水化物や核酸の5員環および6員環の柔軟リングと局所変形領域をエネルギー最小化によって分析するための簡単な手続きが開発されました。このような分子システムのための動的方程式も導出されました。その結果、可変内部座標、局所変形領域、サイクルを持つ多分子システムの効率的なエネルギー最小化と動的挙動のシミュレーションのための統一的アプローチが提案されました。このアプローチの利点と適用領域についても議論されます。