PAML: 最大尤度による系統解析のためのプログラムパッケージ

PAML（現在のバージョン1.2）は、最大尤度法（ML）を用いてDNAおよびタンパク質配列の系統解析を行うプログラムのパッケージです。このプログラムは、(i) 系統樹における枝の長さ、遷移/逆遷移率比、変動進化率に対するガンマ分布の形状パラメータ、および異なる遺伝子の進化パラメータなどの進化パラメータの最大尤度推定、(ii) 順序進化に関する仮説の尤度比検定（速度の一定性、サイト間の独立性や系統間の速度の一定性（分子時計））、(iii) サイトでの置換速度の計算および祖先のヌクレオチドまたはアミノ酸配列の再構築、(iv) 最大尤度法およびベイズ法による系統樹の再構築に使用できます。