CASP7予測のテンプレートベースモデリングターゲットの評価

この原稿では、第7回タンパク質構造予測のための技術の批判的評価（CASP7）のテンプレートベースモデリングカテゴリの評価を示します。108のターゲットドメインに対する予測タンパク質モデルの精度は、実験および予測構造の詳細な比較に基づいて評価されました。評価は、バックボーンおよび構造整列精度の数値的な測定と、予測における正確にモデル化された水素結合相互作用のスコアリングを使用して実施されました。これらの基準に基づいて、我々の統計分析は、予測が平均して有意に正確な複数のグループを特定しました。さらに、6つのターゲットタンパク質の予測について、そのモデル化された補因子結合部位の精度が評価されました。また、予測者が最良の利用可能な単一テンプレート構造に対して改善する能力を評価したところ、最良のグループが重要な数のターゲットに対して、最良の単一テンプレートに比べてターゲット構造に近いモデルを生成したことが示されました。さらに、各残基に基づいて予測に割り当てられた誤差推定（局所信頼値）の精度も評価しました。最後に、テンプレートベースのモデリング方法の最先端の状態と実際の応用に対する有用性についての一般的な結論を議論します。