腫瘍細胞株におけるNotch変異の頻度と分布

制御されていないNotchシグナル伝達はさまざまな腫瘍に関連しており、腫瘍の文脈におけるNotch変異の頻度と分布についてもっと学ぶことが重要です。本報告では、最近開発された癌細胞株百科事典のデータを使用して、広範な癌細胞株パネルにおけるNotch変異の頻度と分布をin silicoで評価します。我々の結果は、Notch受容体およびリガンド遺伝子の変異頻度が確立された癌遺伝子と同等であり、ハウスキーピング遺伝子のセットよりも高いことを示しています。変異は4つのNotch受容体遺伝子すべてに見られましたが、タンパク質ドメイン間で顕著な違いがあり、たとえば、Notch細胞内ドメインにおけるLNRおよびPESTドメインをコードする領域で変異がより一般的でした。さらに、機能的影響のin silico評価は、有害な変異がNOTCH1のリガンド結合および細胞内ドメインに集積することを示しました。ほとんどの細胞株群では、Notch遺伝子の変異頻度が関連する一次腫瘍よりも高いです。我々の結果は、腫瘍細胞のin vitro培養後のNotch変異のスペクトルについて新しい視点を提供します。腫瘍細胞株における高い変異頻度は、in vitroでの成長の利点に関連するNotch変異を示唆しており、したがって、腫瘍細胞株の文脈におけるドライバー変異と考えられるかもしれません。