親和性共精製と異なる表示による真核生物開始因子5Aに結合するmRNAの同定

真核生物開始因子5A（eIF-5A）は、脱oxyhypusine合成酵素と脱oxyhypusineヒドロキシラーゼによって翻訳後に形成される珍しいアミノ酸であるヒプシンを含む唯一のタンパク質です。遺伝学的および薬理学的な証拠は、eIF-5Aが細胞の生存と増殖に不可欠であることを示唆しています。ただし、eIF-5Aの正確な機能と相互作用するパートナーは不明のままです。以前の研究では、eIF-5Aがin vitroでRRE（Rev応答要素）およびU6 RNAに結合できることを示しました。SELEX（指数的濃縮によるリガンドの系統的進化）を使用して、eIF-5Aが配列特異的にRNAに結合できることも示しました（Xu and Chen（2001）J. Biol. Chem. 276, 2555-2561）。本論文では、eIF-5Aに結合するmRNA種の同定は親和性共精製とPCR異なる表示によって達成できることを示します。このアプローチを用いて、3つのアンカーおよび任意のプライマーのセットを使用し、eIF-5Aと特異的に共精製された20のRNA配列を見つけました。それらのうち5つは、以前にSELEX法を使用して特定した仮定のeIF-5A相互作用要素であるAAAUGUを含んでいました。クローンRNAのeIF-5Aへの直接結合は、電気泳動移動シフトアッセイによって示されました。BLAST解析は、eIF-5A相互作用RNAがリボソームL35a、プラスミノゲン活性化阻害因子mRNA結合タンパク質、NADH脱水素酵素サブユニットおよびADP-リボースピロリン酸加水分解酵素などのタンパク質をコードしていることを明らかにしました。ただし、一部は仮説的なタンパク質をコードしています。すべてのクローンRNAは、広範なステムループ構造を形成する可能性があります。