2·9Åの分解能を持つ抗ダイニトロフェニルスピンラベルモノクローナル抗体Fab断片と結合したハプテンの構造

マウスのモノクローナル抗ダイニトロフェニルスピンラベル抗体AN02のFab断片の結晶構造が、独自の分子置換法を用いて2.9 Aの分解能で解決されました。翻訳検索の前に、最も可能性の高い回転関数の解の多数が観測された構造因子と計算された構造因子の強度の間の線形相関係数に対して剛体精緻化にかけられました。まず、検索モデルの全体的な向きが精緻化され、次に4つのFabドメイン（VH、VL、CH1、CL）の向きと位置が精緻化されました。この手順により、検索モデルの正しい向きが明確に特定されました。精緻化された検索モデルは、翻訳検索にかけられ、晶体の単位格子内のエナンチオマーと位置が明確に決定されました。成功した検索モデルは、非適合性の変数ドメイン中の残基が除去されたHyHel-5のFab断片の2.5 A結晶構造に精緻化されました。HyHel-5は、重鎖と軽鎖がAN02と同じサブクラス（ガンマ1、カッパ）に属するマウスのモノクローナル抗体です。分子置換の後、AN02 Fabの構造は、モデル構築と共役勾配精緻化を組み合わせたシミュレーティッドアニーリングを使用して精緻化され、8.0から2.9 Aの間の12,129のユニークな反射に対して19.5%の現在の結晶学的R因子に達しました。理想的な結合長からの平方平均（r.m.s.）の偏差は0.014 Aであり、理想的な結合角からのr.m.s.偏差は3.1度です。電子密度は、ハプテンが相補性決定領域のループによって形成されたポケットに座っていることを示しています。ハプテンのダイニトロフェニルリングは、重鎖のTrp96と軽鎖のTrp91のインドールリングの間に挟まれています。ハプテンの配置と結合部位の一般的な特徴は、以前の核磁気共鳴実験の結果と良く一致しています。