IDPicker 2.0: 高精度ペプチド識別フィルタリングによる改善されたタンパク質アセンブリ

タンデム質量分析に基づくショットガンプロテオミクスは、複雑なタンパク質混合物を分析するための広く用いられる技術となっています。ペプチド配列をタンデム質量スペクトルに割り当てるためのさまざまなデータベース検索アルゴリズムが開発されていますが、ペプチドの同定をタンパク質にアセンブルすることは、多くのペプチドが複数のタンパク質間で共有されるため、困難な問題です。IDPickerは、指定された偽発見率にフィルタリングされたペプチド同定から最小のタンパク質リストを導出するオープンソースのタンパク質アセンブリツールです。ここでは、データベース検索ツールによって生成された複数のスコアを組み合わせることにより、確実なペプチド同定を増加させるためにIDPickerを更新します。前駆体電荷状態とトリプシン端数の両方を使用してしきい値を設定することでペプチド同定を分離し、IDPickerはタンパク質アセンブリのためにより多くのペプチドを取得します。新しいバージョンは、パーシモニー処理において追加の新しいペプチドを要求することにより、特に多種間データベースを使用した検索において、偽陽性タンパク質に対してより堅牢です。IDPickerはグラフィカルユーザーインターフェースの追加とpepXMLフォーマットからの同定読み取り機能によって、多くの同定ワークフローに組み込むために設計されています。これらの進展により、IDPickerは大規模プロテオミクス研究における高いペプチド識別能力と信頼性のあるタンパク質アセンブリを提供します。IDPickerの最新バージョンのソースコードとバイナリはhttp://fenchurch.mc.vanderbilt.edu/から入手可能です。