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細胞の調節メカニズムがポリペプチドであるユビキチンによるタンパク質修飾と関連付けられるケースが増加しています。これには、細胞周期の重要な遷移、クラスI抗原処理、シグナル伝達経路、および受容体媒介性エンドサイトーシスが含まれます。これらの例のほとんど、またすべてではありませんが、タンパク質のユビキチン化は、26Sプロテアソームによる分解を引き起こします。基質にユビキチンが付着し、ユビキチン化されたタンパク質がプロテアソームに結合した後、結合された基質は展開され(最終的には脱ユビキチン化され)、プロテアソーム内に至る狭いチャネルを通って移動する必要があります。ここでポリペプチドは短いペプチドに切断されます。タンパク質のユビキチン化と脱ユビキチン化は共に大きな酵素ファミリーによって媒介され、プロテアソーム自体は関連するが機能的に異なる粒子のファミリーを含んでいます。この多様性は、ユビキチンシステムの高い基質特異性とそれが提供する様々な調節メカニズムの両方の基盤となっています。
マーク・ホヒストラザー(サン)がこの問題を研究しました。