系統解析および比較ゲノム解析に基づくFusobacterium nucleatumの進化的関係

背景：Fusobacteriaの系統的位置および進化的関係は不明である。特に興味深いのは、リボソーム分子系統に基づく低G+Cグラム陽性細菌（Firmicutes）との関連性であるが、彼らが典型的なグラム陰性外膜を有している点である。Fusobacterium nucleatumのゲノム配列が最近完成したことを利用して、進化的関係を系統解析および比較ゲノム解析ツールで調査した。結果：データは、Fusobacteriumが他の細菌系統とは非常に異なる性質のコアゲノムを持っており、Firmicutesの基部で分岐していることを示唆している。しかし、使用する方法に応じて、35-56%のFusobacterium遺伝子はbacteroidetes、proteobacteria、spirochaetesおよびFirmicutes自身からの外来起源であるように見える。異常なコドン使用と短い長さを持つ多くの仮説的ORFが発見され、削除された転送遺伝子の残骸であると仮定されている。一部のタンパク質やオペロンも混合系譜であると仮定されている。グラム陰性細胞壁関連遺伝子の大部分はproteobacteriaから転送されたものであるように見える。結論：配列決定されている歯垢の他の居住者との類似性の多くの事例が見つかった。これは、この環境における密接な物理的接触が水平遺伝子移動を促進する可能性があることを示唆しており、ニッチ特有の遺伝子プールのアイデアを支持している。我々は、ある時点で、恐らく哺乳類の出現に関連して、Clostridia様の代謝装置を持ち、しかしProteobacteriaの接着および免疫かさぶた機能を有する細胞に対して強い選択的圧力が存在したと仮定する。