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バイオ分子の構造と機能の調査に対する現代のシミュレーションおよびモデリングアプローチは、溶媒の影響を近似するために、さまざまな手法—水モデル—に大きく依存しています。ここでは、異なるクラスの水モデルの簡単な概要を示し、それぞれの近似レベルでの概念的基盤に重点を置きます。主な焦点は、原子的シミュレーションで最も広く使用されているモデルのクラス、特に人気のある暗黙および明示的な溶媒モデルにあります。特に、非極性のN点モデルについては、最近の方法論の進展や微妙な点も含めて詳細に説明されています。バイオ分子シミュレーションにおける実用的な入手可能性と使用に関するメモも含まれています。ほんの少し前にはほとんど可能ではなかった原子的シミュレーションは、最も一般的に使用されるN点水モデルの欠陥に起因する重大な問題を明らかにしました。最近開発されたこのクラスのモデルは、実験的な液体水の特性をこれまでよりもずっと近く近似しており、実際のバイオ分子シミュレーションでの有望な結果を示しています。これらのより正確な水モデルの幅広い採用に対する障害について、技術的および概念的な観点から discut しています。水モデルの選択に対するシミュレーション結果の堅牢性を確認することは、古いモデルの明確な代替手段がない場合でも即時的に利益をもたらす可能性があると主張されており、具体的な戦略が提案されています。このレビューは、力場開発の取り組みがより良い溶媒モデルからどのように利益を得ることができるか、そしてその逆に関する議論で締めくくられています。WIREs Comput Mol Sci 2018, 8:e1347. doi: 10.1002/wcms.1347 この論文は次のカテゴリに分類されます：構造とメカニズム > 計算バイオケミストリーおよび生物物理学 分子および統計力学 > 分子動力学およびモンテカルロ法
Onufriev et al. (月)はこの問題を研究しました。