関連配列における過剰に表現されたシスエレメントを特定するアプローチ

転写因子結合部位の計算的特定は計算生物学の重要な研究分野です。位置ウエイトマトリックス（PWM）は結合部位の配列パターンを記述するモデルです。通常、PWMに基づく転写因子結合部位予測方法は、ユーザー定義の閾値を必要とします。恣意的な閾値とアルゴリズムの比較的低い特異性は、このような分析の結果が適切に解釈されるのを妨げます。本研究では、PWMに基づく類似スコアを用いて過剰に表現されたシスエレメントを特定する方法が開発されました。3つの密接に関連するプロモーターセットが分析され、PWM類似スコアが高い過剰に表現されたモチーフのみが報告されました。推定転写因子結合部位のPWMの類似スコアを評価するための閾値も分析中に自動的に決定でき、同じPWMを用いたさらなる研究でも使用できます。オンラインプログラムは以下のウェブサイトで利用可能です：http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/-zhengjsh/OTFBS/.