ADAPTSITE: 単一アミノ酸部位における自然選択の検出

未ラベル: ADAPTSITEは、与えられた系統樹に対するタンパク質コーディング配列の多重アライメントを使用して、単一アミノ酸部位における自然選択を検出するためのプログラムパッケージです。このプログラムは、すべての内部ノードで祖先コドンを推定し、各コドンサイトに対して同義（c(S)）および非同義（c(N)）置換の総数、ならびに同義（s(S)）および非同義（s(N)）サイトの平均数を計算します。同義および非同義置換の発生確率は、それぞれs(S) / (s(S) + s(N))およびs(N) / (s(S) + s(N))によって近似されます。選択的中立性の帰無仮説は、c(S)およびc(N)を取得する確率の二項分布を仮定して、各コドンサイトに対して検定されます。入手可能性: ADAPTSITEは、http://mep.bio.psu.edu/adaptivevol.htmlおよびhttp://www.cib.nig.ac.jp/dda/yossuzuk/welcome.htmlのウェブサイトで無償で利用できます。このパッケージには、C言語で書かれたソースコード、UNIXオペレーティングシステム用のバイナリファイル、マニュアル、および例ファイルが含まれています。