タンパク質複合体形成における結合ステップのコンピュータベースの分析

コンピュータモデルを使用して、マルチメリックタンパク質複合体がその構成要素の高濃度によって抑制されるかどうか、またその条件を調査しました。これは、沈降試験におけるプロゾーン現象に類似した効果です。可逆的結合反応によって形成されるタンパク質分子の小さなオリゴマー複合体を表す一連の理想化されたシンプルな「ボールとスティック」構造を分析し、各構造に至る結合ステップを特定しました。その後、各システムの平衡状態を開始濃度およびKdの範囲で決定し、各状況における構造的に完全なオリゴマーの定常状態濃度を計算しました。2つ以上の分離可能な部分の間で橋を形成する任意のタンパク質分子は、高濃度で強い抑制効果を示しました。それに対して、複合体の外側に単一の結合でリンクされたタンパク質は、いかなる濃度でも抑制効果を示しませんでした。複合体の内部にある非橋接性の多価タンパク質は、複合体の構造とその結合の強さに応じて抑制効果を示すことができるかもしれません。この研究に基づいて、プロゾーン現象が生きた細胞内で広く発生することを示唆し、タンパク質複合体形成の調節において重要な要因である可能性があると考えます。