大分子受容体部位における柔軟なリガンドの立体配置解析

概要 大分子受容体部位内の柔軟なリガンドの方向性および立体配置空間を探索するための計算手法が提示されている。このアプローチは、リガンドの断片の部位内での向きを決定するために、DOCKアルゴリズムのバリアントを使用する（Kuntz et al., J. Mol. Biol. , 161 , 288 (1982)）。これらの位置は、その後、リガンドの残りの部分の立体配置空間を探索するための基礎を形成し、体系的探索アルゴリズムを使用する。この探索は、リガンドの立体配置が受容体との相互作用に応じて修正可能な方法を組み込んでいる。このアプローチは2つのテストケースに適用されおり、いずれの場合も結晶学的に決定された構造が得られている。しかし、実験的に観察されたものと大きく異なる代替モデルも得られる可能性がある。これらの構造の間で分子間相互作用のさまざまな測定が区別する能力について議論されている。