注意に基づく神経ネットワークによって生成されたシグナルペプチド

表現されたタンパク質のアミノ末端にある短い（15〜30残基）アミノ酸の鎖はシグナルペプチド（SP）として知られ、生きた細胞において分泌を指定します。私たちは、Transformモデルという注意に基づく神経ネットワークを、Swiss-Protから入手可能なすべての生物のデータで訓練し、SP配列を生成しました。実験テストは、モデル生成のSPが機能的であることを示しています：それらが工業用バチルス・サブチリス株に発現された酵素に付加されると、SPは工業的に使用されるSPと競争力のある分泌活性を引き起こします。さらに、モデル生成のSPはシーケンスにおいて多様であり、最も近い既知のナチュラルシグナルペプチドと58%のシーケンス同一性を共有することもあれば、平均73% ± 9%です。