13種類の細胞タイプの分析により、数多くの新規霊長類および組織特異的マイクロRNAの発現の証拠が明らかになった

最初の動物マイクロRNA（miRNA）が発見されてから20年後、動物ゲノム内のmiRNAの数は依然として難解な問題です。ここでは、13種類の異なる人間の組織タイプからの1,323の短いRNAシーケンシングサンプル（RNA-seq）の分析結果を報告します。厳格な閾値基準を使用して、3,494の新規前駆体から作り出された偽発見率≤ 0.05で、3,707の統計的に有意な新規成熟miRNAを特定しました；これらの新規miRNAの91.5%は、処理されたサンプルの10以上で独立して特定されました。これらの新規miRNAの分析は、組織特異的な依存性と、組織間比較における低いジャカード類似度指数を明らかにしました。新規miRNAのうち、1,657（45%）は、交差結合後のアルゴノート免疫沈降およびシーケンシング（Ago CLIP-seq）によって生成された43のデータセットで特定され、13の組織のうちの3つを表しており、これらのmiRNAがRNA干渉経路で活発であることを示しています。さらに、5つの組織を代表する12の細胞株における新たに発見されたmiRNAのランダムコレクションを通じて、ステムループPCRによる実験的調査が行われ、その存在と組織依存性が確認されています。新たに特定されたmiRNAの中には、多くの新しいmiRNAクラスター、既知のmiRNAクラスターの新しいメンバー、未特定のmiRNA前駆体の腕からの以前報告されていない産物、および機能的に重要なmiRNAファミリー（例えば、miR-15/107）の以前認識されていなかった相同遺伝子が含まれています。脊椎動物および無脊椎動物の間での配列保存状態の検査は、新たに発見されたmiRNAの56.7%がヒト特異的であり、大部分（94.4%）が霊長類系統特異的であることを示しました。私たちの発見は、ヒトmiRNAのレパートリーが現在公的リポジトリで表現されているよりもはるかに広範であり、特性が明らかでない系統および/または組織特異的miRNAがかなりの数存在することを示唆しています。