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水母類の系統的処理は notoriously 難しいが、形態や生活史に関する有用な情報が着実に蓄積されている。この情報を統合することで、水母類の主要グループの系統関係に関する多くの仮説が提案されてきた。ここでは、35種の水母類の完全な18S遺伝子配列を使用してこれらの仮説を評価する。31種の水母、6種の傘水母、1種の立方水母、1種の花虫水母の新しい18S配列が報告される。新しい18S配列を含む2つのデータセットの単純最小法分析を用いて、水母類に関連する系統仮説の強さと弱さを評価する。樹の最適性に関する代替的な指標、最小進化と最大尤度を使用して、単純最小法分析の信頼性を評価する。水母類は、ここでTrachylinaとHydroidolinaと呼ばれる2つのクレードで構成される。TrachylinaはLimnomedusae、Narcomedusae、Trachymedusaeで構成される。NarcomedusaeはTrachylinaの基底群ではない可能性が高く、むしろTrachymedusaeの内部から直接派生している。このことは、ポリプ段階の二次的獲得を示唆している。HydroidolinaはCapitata、Filifera、Hydridae、Leptomedusae、およびSiphonophoraで構成される。Anthomedusaeは単系統群を形成しないかもしれない。しかし、hydroidolinanグループ間の関係は、現在のデータセットでは解決が難しい。最後に、水母類の単系統性は強く支持されている。
アレン・G・コリンズ(Sat,)がこの問題を研究した。
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