インフルエンザAウイルスゲノムのコーディング完全定義の直接RNAシーケンシング

要約 RNAウイルスのコーディング完全ゲノムがその元の形で初めてシーケンスされました。それ以前は、RNAは放射性標識RNAの化学的分解によってシーケンスされており、この難しい方法では短い配列しか得られませんでした。その代わりに、RNAは通常cDNAにコピーされて間接的にシーケンスされ、cDNAはPCRによってdsDNAに増幅され、さまざまなDNAシーケンシング方法で分析されます。私たちは、インフルエンザAウイルスゲノムの短い高度に保存された末端にアダプターを設計し、(-)センスRNAをオックスフォード・ナノポアのMinIONシーケンシングプラットフォーム上のタンパク質ナノポアにターゲットしました。この方法をインフルエンザrA/Puerto Rico/8/1934（H1N1）ウイルスに感染した鶏卵のアランティック液から抽出した全RNAで利用することで、コーディング完全インフルエンザAウイルスゲノムの成功したシーケンシングを示しました。ヌクレオチドカバレッジは100%、コンセンサス同一性は99%、および99%のリードがインフルエンザAウイルスにマッピングされました。同じ方法論を利用することで、ウイルスのライフサイクルに必要なウイルスmRNAや(+)センスcRNAなどのターゲットを含めるようにアダプターを再設計することができます。このアプローチは、現在の方法では実質的に測定できないスプライスバリアントや塩基の修正を特定し定量化する可能性もあります。