초록 인간 킬러 세포 면역글로불린 유사 수용체(KIR) 유전자는 19번 염색체에 위치하며, 리간드와의 상호작용을 통해 자연 살해(NK) 세포와 일부 T 림프구 하위 집단의 작용을 조절하는 세포 표면 단백질 수용체를 인코딩합니다. KIR 유전자는 가변 유전자 내용, 복제 수 및 알레일 다형성을 통해 광범위한 변이를 나타냅니다. KIR 유전자와 해당 리간드의 조합은 조혈모세포 이식 및 고형 장기 이식, 감염 질병 진행 등 다양한 임상 환경에서 관련이 있습니다. KIR 유전자 내용은 수용자와 기증자의 하플로 타입 변이에 따른 최적의 줄기세포 기증자를 선택하는 데 사용되었습니다. 대규모 병렬 클로나 다음 세대 시퀀싱과 단일 분자 롱 리드 제3세대 시퀀싱의 도입으로 KIR 유전자형의 알레일 레벨 결정이 가능해졌습니다. 본 연구에서는 옥스포드 나노포어 테크놀로지 플랫폼에서 KIR 유전자의 명확한 알레일 레벨 타이핑을 제공하는 앰플리콘 기반 롱 리드 시퀀싱 방법을 설명합니다. 이 방법은 이전에 발표된 알레일 레벨 KIR 유전자형이 있는 48개의 제10회 국제 조직적합성 워크숍(IHWS) 세포주와 KIR 유전자의 존재 여부를 사전 테스트한 176개의 서호주 샘플에서 추출한 DNA를 사용하여 검증되었습니다. 우리의 롱 리드 시퀀싱 방법은 발표된 데이터와의 전체 일치율이 97%-99%로 KIR 알레일을 정확하게 결정할 수 있었습니다. 특히, 유전자 서열의 긴 구간에 걸쳐 이형접합체 염기 위치에서의 페이징 불확실성이 몇몇 샘플에서 해결되었습니다. 따라서, 우리의 롱 리드 PCR 시퀀싱 전략은 알레일 해상도 수준에서 KIR 유전자형을 결정하는 데 사용될 수 있습니다.
다운잉 외(몬,)은 이 질문에 대해 연구했습니다.