박테리아 외막 소포 관련 작은 RNA의 참조 정렬을 위한 다섯 개 NGS 매핑 도구의 기준 설정

작은 RNA(sRNAs) 관련 연구의 발전은 NGS 관련 생물정보학에 도전 과제를 제기하고 있으며, 특히 sRNA의 정확한 매핑과 관련이 있습니다. 정렬기는 기반이 되는 알고리즘과 점수 매트릭스에 따라 데이터셋의 특성과 참조 유전체의 영향을 받습니다. 이러한 영향은 주로 진핵생물에서 연구되었고, 어느 정도는 원핵생물에서도 연구되었습니다. 그러나 박테리아에서 외막 소포(OMV)와 관련된 sRNA-seq 데이터에 따라 정렬기를 선택하고, 해당 박테리아 참조 유전체의 특징에 대한 연구는 아직 이루어지지 않았습니다. 우리는 일반적으로 좋은 성능으로 알려진 다섯 개의 정렬기인 BBmap, Bowtie2, BWA, Minimap2 및 Segemehl을 선택하여 OMV와 관련된 sRNA 매핑을 테스트하였습니다.