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대량 마이크로바이옴과 더불어 바이롬이 풍부한 샷건 시퀀싱은 특정 처리가 이루어지지 않는 한 주어진 샘플의 이중 가닥 DNA (dsDNA) 내용을 드러냅니다. 그러나 바이러스의 유전체는 종종 원형 단일 가닥 DNA (ssDNA) 분자로 구성됩니다. 다중 이탈 증폭(MDA) 방법을 사용한 DNA의 전처리 및 증폭은 ssDNA를 dsDNA로 변환하는 것을 가능하게 하지만, 이 과정은 이러한 원형 ssDNA 유전체의 과대표현을 초래할 수 있습니다. 더 최근의 대안 방법은 라이브러리 어댑터가 절단되고 변성된 DNA에 리가이트되는 방식으로 증폭 단계를 우회할 수 있게 해줍니다(엑스젠 키트). 그러나 음파 처리 단계는 dsDNA보다 ssDNA를 더 효율적으로 절단할 가능성이 있어 바이롬 시퀀싱에 또 다른 편향을 도입할 수 있습니다. 이러한 한계로 우리는 혼합 ssDNA 및 dsDNA 바이롬을 위한 DNA 준비의 대체 방법을 탐색하게 되었습니다. 합성 바이러스 입자의 혼합물을 사용하여, 우리는 T7 DNA 중합효소(T7pol)를 활용하여 바이러스 원형 ssDNA 분자를 dsDNA로 전환하면서 그러한 분자의 과복제를 방지했습니다. 우리의 연구 결과는 라이브러리 준비 전에 ssDNA를 dsDNA로 전환하기 위해 T7pol과 변형된 프라이머 혼합물을 사용하는 것이 현재 사용되는 방법에 대한 좋은 대안임을 나타냅니다. 이것은 MDA나 xGen 키트의 직접 적용에 비해 원래의 합성 혼합물을 더 잘 나타냅니다. 더 나아가, 두 가지 복합 바이롬 샘플에 적용했을 때, T7pol 처리는 Microviridae 분수의 풍부함과 양을 모두 개선했습니다. 우리는 T7pol 전처리가 virome의 샷건 시퀀싱에 대해 MDA보다 바람직하다는 결론을 내립니다. 이는 구현이 용이하고 비용이 저렴합니다.
Billaud et al. (목,)은 이 질문을 연구했습니다.