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초록 미생물 팬게놈 분석은 원핵생물 게놈에서 존재하거나 결실된 유전자를 식별합니다. 그러나 현재 도구는 더 높은 서열 다양성이나 속 또는 과와 같은 높은 분류학적 순서를 가진 종을 분석할 때 제한적입니다. Roary ILP 세균 핵심 주석 파이프라인(RIBAP)은 핵심 유전자를 식별하기 위해 Roary에 의해 예측된 유전자 클러스터를 정제하는 정수 선형 프로그래밍 접근 방식을 사용합니다. RIBAP는 Chlamydia, Klebsiella, Brucella 및 Enterococcus 게놈의 복잡성과 다양성을 성공적으로 처리하며, 속 수준에서 모든 범위를 포함하는 핵심 유전자를 식별하기 위한 다른 기존 및 최근 팬게놈 도구보다 성능이 우수합니다. RIBAP는 github.com/hoelzer-lab/ribap 및 zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.10890871에서 무료로 제공되는 Nextflow 파이프라인입니다.
Lamkiewicz et al. (Mon,)은 이 질문을 연구했습니다.