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미생물군집은 프로카리오틱(세균 및 고세균), 유카리오틱 및 바이러스 개체를 포함하는 복합체입니다. 이 미생물 집합체는 다양한 생태계의 건강과 생산성에 영향을 미치는 중요한 역할을 하며 생명의 그물을 형성합니다. 그러나 미생물군집을 연구하기 위해 개발된 많은 소프트웨어 스위트는 프로카리오틱 군집만 분석하고 바이러스 및 미소 유카리오틱에 대한 지원은 매우 제한적입니다. 이전에 우리는 바이러스 유카리오틱 세균 고세균(VEBA) 오픈 소스 소프트웨어 스위트를 소개하여 유카리오틱과 바이러스의 덜 연구된 영역을 포함하도록 프로카리오틱을 넘어서는 유전체 해상 분석의 중요한 격차를 해소했습니다. 여기에서는 포괄적인 클러스터 미소 유카리오틱 단백질 데이터베이스, 빠른 유전체/단백질 수준 클러스터링, 생물자원 탐색, 비코딩/세포소기관 유전자 모델링, 유전체 해상 분류학/경로 프로파일링, 긴 읽기 지원 및 컨테이너화를 포함한 주요 업데이트가 있는 VEBA 2.0을 소개합니다. 우리는 해양수, 시베리아 영구동토 및 흰꼬리사슴 폐 조직을 포함한 다양한 사례 연구의 분석을 통해 VEBA의 다재다능한 응용을 보여줍니다. 후자는 통합된 바이러스를 식별하는 방법을 보여줍니다. VEBA는 미생물군집 연구에서 중요한 발전을 나타내며 유전체학과 생물기술 솔루션 간의 격차를 메우는 강력하고 접근 가능한 소프트웨어 스위트를 제공합니다.
Espinoza et al. (토,)은 이 질문을 연구했습니다.
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