알츠하이머병을 위한 단일 세포 및 공간 RNA-seq 데이터베이스 (ssREAD)

알츠하이머병 (AD) 병리학은 단일 세포 및 단일 핵 RNA 시퀀싱 (scRNA-seq & snRNA-seq) 및 공간 전사체학 (ST)을 통해 점점 더 많이 연구되고 있습니다. 그러나 데이터의 급증은 포괄적이고 사용자 친화적인 저장소에 대한 수요를 요구합니다. 이를 해결하기 위해 우리는 알츠하이머병을 위한 단일 세포 및 공간 RNA-seq 데이터베이스 (ssREAD)를 소개합니다. 이 데이터베이스는 AD 관련 데이터 세트의 더 넓은 스펙트럼, 최적화된 분석 파이프라인 및 향상된 사용성을 제공합니다. 이 데이터베이스는 67개의 AD 관련 scRNA-seq & snRNA-seq 연구에서 1,053개의 샘플(277개의 통합 데이터 세트)을 포함하며, 총 7,332,202개의 세포를 포함합니다. 또한 18개의 인간 및 쥐 뇌 연구로부터 381개의 ST 데이터 세트를 보관합니다. 각 데이터 세트는 종, 성별, 뇌 영역, 질병/대조 상태, 나이 및 AD Braak 단계와 같은 세부 정보로 주석이 달려 있습니다. ssREAD는 세포 군집 분석, 차별적으로 발현된 유전자 및 공간적으로 변동하는 유전자, 세포 유형 특이적 표지 유전자 및 조절 유전자, 통합 분석을 위한 스팟 디콘볼루션에 대한 분석 도구 세트도 제공합니다. ssREAD는 https://bmblx.bmi.osumc.edu/ssread/ 에서 무료로 이용할 수 있습니다.