Y 유전자는 차 동화작용에서 APRR2와의 상호작용을 통해 카로티노이드 생합성을 억제하는 사진합성 유전자 억제 단백질을 인코딩한다.

초록 뿌리에서 카로티노이드 생합성을 조절하는 요인에 대해서는 거의 알려져 있지 않다. 본 연구에서는 당근(Daucus carota)의 가정 과정에서 뿌리 색상이 조상인 흰색에서 노란색으로 변화하는 데 책임이 있는 Y 유전자의 후보 유전자인 DCAR₀32551을 특성화하였다. 우리는 DCAR₀32551이DcRPGE1이라는 이름의 사진합성 유전자 억제 단백질(REPRESSOR OF PHOTOSYNTHETIC GENES, RPGE)을 인코딩한다는 것을 보여주었다. 야생 당근에서 유래한 DcRPGE1(DcRPGE1W)은 카로티노이드 생합성의 억제자이다. 특히, DcRPGE1W는 아라비도시스 유사 반응 조절자2(APRR2)와 같은 전사 인자인 DcAPRR2와 물리적으로 상호작용한다. 이 상호작용을 통해 DcRPGE1W는 주요 카로티노이드 유전자인 피토엔 합성 효소 1(DcPSY1), DcPSY2 및 라이코펜 ε-사이클라이스(DcLCYE)의 DcAPRR2 매개 전사 활성화를 억제하여 카로티노이드 생합성을 크게 감소시킨다. 또한, DcRPGE1W-DcAPRR2 상호작용이 DcAPRR2가 DcPSY1, DcPSY2 및 DcLCYE의 프로모터 영역에서 RGATTY 요소에 결합하는 것을 방지함을 보여주었다. 추가로, 우리는 노란색 및 오렌지 당근의 DcRPGE1 코딩 영역에서 돌연변이를 확인하였으며, 이는 DcAPRR2와 상호작용할 수 없는 잘린 DcRPGE1 단백질을 인코딩하는 대체 스플라이스 전사체의 생성으로 이어진다. 이러한 발견은 카로티노이드 생합성의 전사 조절에 대한 통찰력을 제공하며, 농작물에서 카로티노이드 축적을 강화하기 위한 잠재적 표적 유전자를 제시한다.