벤토: 공간 전사체 데이터에 대한 세포소기관 분석 툴킷

초록 세포 내 분자의 공간적 조직은 그 기능에 필수적입니다. 현재의 방법들은 조직 구조, 세포-세포 상호작용 및 공간적 발현 패턴을 구별하는 데 초점을 맞추고 있지만, 다세포 수준에 국한되어 있습니다. 우리는 단분자 정보를 활용하여 세포소기관 수준에서 공간 분석을 가능하게 하는 파이썬 툴킷인 벤토를 소개합니다. 벤토는 분자 좌표 및 세분화 경계를 입력받아 세 가지 분석을 수행합니다: 세포소기관 영역 정의, 위치 패턴 주석 및 유전자-유전자 공동위치 측정. 우리는 MERFISH, seqFISH +, 분자 지도 생성, 그리고 제니움 데이터 세트를 시연합니다. 벤토는 오픈 소스 Scverse 생태계의 일부로, 다른 단일 세포 분석 도구와의 통합을 가능하게 합니다.