Triplophysa erythraea (Nemacheilidae hypogean fishes)의 텔로미어-투-텔로미어 유전체 조합

요약 Triplophysa erythraea는 후난의 석회암 동굴에 서식하는 독특한 실명 동굴어종으로, 제한된 분포와 취약한 서식지로 인해 상당한 위협에 직면해 있다. 고품질 유전체 조합은 보존 전략 개발을 위한 필수 데이터를 제공하며, T. erythraea의 독특한 형태적 특성 뒤에 있는 기능적 요인과 적응 메커니즘을 밝혀내는 데 도움이 될 수 있다. 본 연구에서는 T. erythraea의 텔로미어-투-텔로미어(T2T) 유전체를 성공적으로 조합하였다. 유전체 크기는 757.23 Mb로, 컨티그 N50 크기는 27.63 Mb, 스캐폴드 N50 크기는 29.01 Mb였다. Hi-C 조합에서는 97.5%의 서열이 25개의 유사 염색체에 배치되었다. 주목할 만한 점은 19개의 염색체가 연속적이고 간격이 없는 스캐폴드로 조합되었다는 것이다. 또한 378.05 Mb(49.93%)의 반복 서열과 25,179개의 단백질 코딩 유전자가 확인되었으며, 99.09%의 단백질 코딩 유전자가 주석이 달렸다. 비교 유전체 분석은 유전체의 높은 완전성, 연속성 및 정확성을 확인하였다. 유전체 품질은 T. erythraea T2T 유전체 조합에 대해 평가하여 QV가 51.03이고 BUSCO 완전성 비율이 98.38%로 추가로 입증되었다. 이 연구는 Nemacheilidae hypogean fishes를 위한 주요 유전적 자원으로 기능하며, 동굴 적응형 Triplophysa 돌 연어의 적응 유전적 메커니즘을 구분하는 데 큰 가치가 있을 것이다.