OMAnnotator: 주석된 합의 유전체 서열을 구축하는 새로운 접근법

초록 동기 시퀀싱 기술의 발전으로 연구자들은 전체 유전체를 빠르고 저렴하게 시퀀싱할 수 있게 되었습니다. 하지만 유전체 조립의 개선에도 불구하고 구조적 유전체 주석(즉, 단백질 코딩 유전자의 식별)은 특히 진핵 생물의 유전체에서 여전히 도전적입니다. 이는 일반적으로 ab initio, 전사체학 및 동종 검색 등 여러 접근 방식을 사용해야 하며, 이는 상당히 다른 결과를 초래할 수 있습니다. 합의에서 어떤 유전자 모델을 유지할지를 결정하는 것은 결코 간단하지 않으며, 자동화된 접근 방식은 정확성 측면에서 수작업 큐레이션 노력에 비해 뒤쳐지는 경향이 있습니다. 결과 우리는 OMAnnotator를 소개합니다. OMAnnotator는 서로 다른 주석 소스에서 예측을 통합하기 위해 OMA 알고리즘을 재사용하여 합의 주석을 구축하는 새로운 접근법입니다. 유전 정보가 결정 요인으로 사용됩니다. Drosophila melanogaster 참조에서 벤치마킹하는 동안, OMAnnotator의 합의는 원본 주석 및 같은 입력을 사용하는 두 가지 최첨단 파이프라인에 비해 개선되었습니다. 최근에 발표된 세 가지 유전체에 적용했을 때, OMAnnotator는 두 가지 경우에 상당한 개선을 보였고, 세 번째 경우는 이미 광범위한 전문가 큐레이션의 이점을 받은 결과로 혼합된 결과를 보였습니다. 이는 상충하는 주석 소프트웨어의 결과를 결합할 때 방법의 효과성과 견고성을 강조하며, 진핵 생물 유전체 주석 도구 키트를 강화합니다. 가용성 및 구현 OMAnnotator는 GitHub에서 사용할 수 있습니다 (https://github.com/DessimozLab/OMAnnotator).