요약 서론: 전체 유전체 액체생검은 비침습적 암 검출, 관리 및 모니터링 방법으로 암 치료 전 과정에서 점점 더 채택되고 있습니다. 이 방법들은 세포 유리 DNA(cfDNA) 프래그멘토미의 다양한 유전체 특징을 조사하여 전통적인 영상기법이나 다른 혈액 기반 바이오마커 대비 잠재적인 성능 향상을 제공합니다. cfDNA 기반 프래그멘토미 방법이 임상 적용으로 나아감에 따라, 시퀀싱 플랫폼 간 분석 정밀도 및 재현성 검증이 반드시 필요합니다. 방법: 48개 샘플을 동시에 처리할 수 있는 엔드 수선 및 A-테일링을 결합한 자동화 호환 2단계 플레이트 프로토콜을 개발했습니다. 이 프로토콜의 분석 정밀도를 체계적으로 평가하기 위해, 암이 없는 12명과 폐암(n=10), 간암(n=2) 환자의 약 20mL 플라즈마를 사용한 정밀도 연구를 설계했습니다. 세 가지 고유한 사전지정 플레이트 배치로 각 기증자당 최소 12개 유전체 라이브러리 복제본이 확보되었고, 플레이트 내외로 서로 다른 행 및 열 배치가 적용되었습니다. 병행하여, 이전에 발표한 3단계 튜브 프로토콜로 cfDNA를 처리하며 3개의 고유한 튜브 배치에서 최소 6개 복제본을 생성했습니다. 각 작업자는 2개의 고유 플레이트 배치와 2개의 독립된 튜브 배치를 처리했고, 모든 라이브러리에 3 ng의 cfDNA 입력을 사용했습니다. 결과: 라이브러리 수율은 플레이트 기반 2단계 프로토콜보다 튜브 기반 3단계 프로토콜에서 더 높았습니다(6.51 nM 대 5.25 nM). 사전 시퀀싱 분석에서 일치하는 복제본 간 라이브러리 QC 지표에서 작업자 영향이 관찰되었습니다. 모든 라이브러리는 NovaSeq 6000 및 NovaSeq X 두 플랫폼에서 평균 1-2배 깊이로 전장 유전체 시퀀싱되었습니다. 시퀀싱 후, 정해진 계산 파이프라인을 균일하게 적용하여 짧은(100-150 bp) 및 긴(151-220 bp) 조각 비율(S/L 비율), 염색체 팔 수준의 비정상 염색체 수, 폐 및 간암 분류기 점수 등의 전장 유전체 단편화 특성을 5 Mb 비중첩 구간으로 생성했습니다. 이 특징 및 분류기 점수의 배치 내외 정밀도는 Stan 소프트웨어를 활용한 베이지안 계층 모델로 평가했습니다. 결론: 본 연구는 cfDNA 기반 특징 및 분류기의 분석 및 플랫폼 적인 변동성에 대한 상세 평가를 제공합니다. 초기 결과는 확장 가능하고 자동화 호환되는 플레이트 기반 프로토콜의 실현 가능성을 뒷받침하며 임상 적용 시 견고한 작업 흐름 필요성을 강조합니다. 진행 중인 분석으로 프로토콜과 시퀀싱 플랫폼 전환 시 분류기 성능의 안정성을 규명하여, 발전하는 액체생검 기술에 대한 최적 실행 방안을 제시할 예정입니다. 인용 형식: Vishruth Girish, Alice C. Eastman, Adrianna L. Bartolomucci, Akshaya V. Annapragada, Hope Orjuela, Carter Norton, Daniel H. Du, Sarah Short, Christopher M. Cherry, James R. White, Shashikant Koul, Vilmos Adleff, Zachariah H. Foda, Jillian Phallen, Victor E. Velculescu, Robert B. Scharpf. Analytical precision and cross-platform replicability of cfDNA-based genome-wide multi-feature classifiers for early cancer detection abstract. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2026; Part 1 (Regular Abstracts); 2026 Apr 17-22; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2026;86(7 Suppl):Abstract nr 5315.
Girish 등은 이 연구 주제를 분석했습니다.