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PHASTER (PHAge Search Tool - Enhanced Release)는 박테리아 게놈 및 플라스미드 내에서 프로파지 서열을 신속하게 식별하고 주석을 추가하기 위한 인기 있는 PHAST 웹 서버의 중요한 업그레이드입니다. PHASTER의 파지 식별 파이프라인에서의 단계는 원래 PHAST와 크게 다르지 않지만, 수많은 소프트웨어 개선 및 하드웨어 향상이 이제 PHASTER를 더 빠르고, 더 효율적이며, 시각적으로 매력적이고 사용자 친화적으로 만들었습니다. 특히 PHASTER는 일반적인 박테리아 게놈을 분석할 때 PHAST보다 4.3배 더 빠릅니다. 보다 구체적으로, 소프트웨어 최적화는 PHASTER의 백엔드를 PHAST보다 2.7배 더 빠르게 만들었으며, PHASTER 컴퓨팅 클러스터에 80개의 CPU를 추가한 것이 나머지 속도 향상의 원인입니다. PHASTER는 이제 원시 서열만으로 3분 안에 일반적인 박테리아 게놈을 처리할 수 있으며, 주석이 추가된 GenBank 파일을 제공받으면 1.5분이 걸립니다. 데이터베이스의 크기와 중복성을 줄이기 위한 자동화된 알고리즘, 다중(메타유전체) 쿼리 처리 및 높은 사용자 트래픽 개선, 이전에 PHAST/PHASTER로 주석이 추가된 14,000개의 박테리아 게놈에 대한 자동화된 조회를 수행할 수 있는 기능을 포함하여 여러 가지 다른 최적화도 구현되었습니다(이는 몇 분이 아닌 몇 초 안에 완전한 파지 주석을 생성할 수 있습니다). PHASTER의 웹 인터페이스도 완전히 새로 작성되었습니다. 새로운 그래픽 게놈 브라우저가 추가되었고, 유전자/게놈 시각화 도구가 개선되었으며, 그래픽 인터페이스가 이제 더 현대적이고 견고하며 사용자 친화적입니다. PHASTER는 www.phaster.ca에서 온라인으로 이용 가능합니다.
Arndt et al. (화요일) 이 질문을 연구했습니다.