2019년 PRIDE 데이터베이스 및 관련 도구와 자원: 정량 데이터 지원 개선

PRoteomics IDEntifications (PRIDE) 데이터베이스(https://www.ebi.ac.uk/pride/)는 질량 분석 기반 프로테오믹스 데이터의 세계 최대 데이터 저장소이며, 글로벌 ProteomeXchange (PX) 컨소시엄의 창립 멤버 중 하나입니다. 본 원고에서는 2016년 Nucleic Acids Research에 이전 업데이트 원고가 출판된 이후 PRIDE 자원 및 관련 도구의 발전 사항을 요약합니다. 지난 3년간, PRIDE를 통한 공공 데이터 공유(PX의 일부로서)는 이 분야의 표준이 되었습니다. 동시에, 공공 프로테오믹스 데이터의 재사용이 여러 활용 사례와 함께 크게 증가하였습니다. 먼저 PRIDE 아카이브의 새로운 아키텍처를 설명합니다. PRIDE 아카이브 및 관련 데이터 제출 프레임워크는 제출 데이터 양의 증가 및 추가 데이터 유형을 지원하기 위해 더욱 개발되었습니다. 진행 중인 과정의 일부로서, 새로운 확장 가능하고 내결함성이 있는 저장 백엔드, 응용 프로그래밍 인터페이스 및 웹 인터페이스가 구현되었습니다. 또한 mzTab 포맷을 통한 정량 프로테오믹스 데이터 지원이 개선된 점을 강조합니다. 마지막으로 현재 데이터 내용과 다운로드 양에 대한 주요 통계 및 PRIDE 데이터가 Ensembl, UniProt, Expression Atlas 등 부가 가치 자원으로 전달되기 시작한 방법을 개요로 제시합니다.