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산업 생명공학에 적용된 합성 생물학은 우리가 화학 물질을 생산하는 방식을 변화시키고 있습니다. 그러나 대사 공학의 규모와 범위에서의 발전에도 불구하고 연구 및 개발 과정은 여전히 비용이 많이 듭니다. 차세대 화합물의 생산을 위한 화학 레퍼토리를 확장하기 위해서는 화학 다양성을 대상으로 하는 새로운 설계 도구 개발을 위한 중요한 공학 생물학적 노력이 필요합니다. 이 목표를 달성하기 위해서는 화학 생합성 공간을 탐색하는 역합성 접근 방식이 필요합니다. 그러나 대규모 조합 역합성 설계 공간과 관련된 복잡성은 종종 이 접근 방식을 저해하는 주요 과제로 인식되어 왔습니다. 여기에서 우리는 일반화된 반응 규칙에 기반하여 섀시에서 목표까지 효율적이고 잘 제어된 프로토콜을 통해 역합성 검색을 수행하는 자동화된 오픈 소스 워크플로우인 RetroPath2.0을 제공합니다. 사용의 용이성과 다양한 응용 가능성으로 인해 이 도구는 생물학적 엔지니어의 작업대에 귀중한 추가 요소가 됩니다. 우리는 여러 사례를 통해 효소 혼잡성에 의한 대체 생합성 경로의 식별이나 바이오센서 개발과 같은 생명공학적으로 관련된 문제에 대한 워크플로우의 적용을 보여줍니다. 이를 통해 우리는 역합성 경로 설계의 효율성을 높이고, 생물 생산 최적화를 목표로 하는 과정으로 디자인, 구축, 테스트 및 학습 파이프라인을 재형성하는 데 있어 워크플로우의 주요 역할을 입증합니다. RetroPath2.0 워크플로우는 생물정보학 및 화학정보학 커뮤니티에서 개발한 도구를 사용하여 구축되었으며, 오픈 소스이기 때문에 커뮤니티의 기여가 워크플로우 기능을 더욱 확장할 것으로 예상합니다.
Delépine et al. (토요일,)이 이 질문을 연구했습니다.