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많은 미생물, 곰팡이, 또는 오옴시테 집단은 클론, 혼합, 부분 클론 및/또는 성적이기 때문에 집단 유전 분석에 대한 가정을 위반합니다. 더불어, 클론 집단의 데이터를 분석하기 위해 특별히 설계된 도구는 거의 없어 분석이 어렵고 비체계적입니다. 우리는 혼합, 클론, 혼합형 및/또는 성적 집단의 데이터를 분석하기 위한 독창적인 도구를 제공하는 R 패키지 poppr를 개발했습니다. 현재 poppr은 우세/공우성 및 단핵/이핵 유전 데이터에 사용할 수 있습니다. 데이터는 GenAlEx 형식의 텍스트 파일을 포함한 여러 형식에서 가져올 수 있으며, 하위 집단 구조 및 클론 검열의 무한한 수준을 포함하는 사용자 정의 계층에서 분석될 수 있습니다. 새로운 기능에는 마이크로위성에 대한 Bruvo 거리 계산, 여러 유전자 다양성 지표와의 연관 지수에 대한 배치 분석, 및 부트스트랩 지원과 최소 신장 네트워크를 포함한 그래프 작성을 포함합니다. 유전자 다양성 및 클론 검열을 위한 기능은 클론 집단에 특화되어 있지만, poppr에서 발견되는 여러 기능은 모든 집단의 분석에도 유용합니다. 문서화 및 예제가 포함된 매뉴얼이 제공됩니다. Poppr는 오픈 소스이며 주요 릴리스는 CRAN에서 사용할 수 있습니다: http://cran.r-project.org/package=poppr. 더 많은 지원 문서와 튜토리얼은 다음 링크에서 '리소스'를 통해 찾을 수 있습니다: http://grunwaldlab.cgrb.oregonstate.edu/.
Kamvar 외 (화요일) 이 질문을 연구했습니다.