2013년 TIGRFAMs 및 게놈 속성

TIGRFAMs는 http://www.jcvi.org/tigrfams에서 온라인으로 제공되는 단백질 가족 정의 데이터베이스입니다. 각 항목은 신뢰할 수 있는 대표 서열의 초기 정렬, 해당 정렬에서 구축된 숨겨진 마르코프 모델(HMM), 자동 주석 파이프라인이 단백질이 구성원인지 판단하는 데 사용할 수 있는 컷오프 점수를 특징으로 하며, 구성원 단백질에 전이할 주석이 포함됩니다. 대부분의 TIGRFAMs 모델은 equvalog로 지정되며, 이는 공동 조상 서열에서 기능이 보존된 단백질에 특정 이름을 부여함을 의미합니다. 기능적으로 이질적인 가족을 설명하는 모델은 하위 가족이나 도메인으로 지정되며, 덜 구체적이지만 더 널리 적용 가능한 주석을 부여합니다. TIGRFAMs HMM 결과를 포함한 계산된 증거가 게놈에 효소 경로, 단백질 복합체 또는 다른 유형의 분자 하위 시스템이 인코딩되었는지 판단하는 데 어떻게 사용되어야 하는지를 명시하는 게놈 속성 데이터베이스는 http://www.jcvi.org/genome-properties에서 제공됩니다. TIGRFAMs 및 게놈 속성 콘텐츠는 많은 수의 게놈에 대한 하위 시스템 재구성이 단백질 가족 구성을 위한 초기 정렬 서열 및 컷오프 값을 선택하는 데 도움이 되므로 함께 개발됩니다. 두 데이터베이스 모두 세균 및 고세균 하위 시스템에 중점을 두고 있습니다. 현재 TIGRFAMs에는 4284개의 모델이 나타나며, 게놈 속성으로 628개의 시스템이 설명되고 있습니다. 콘텐츠는 하위 시스템 발견 작업과 과학 문헌에 대한 생물 큐레이션 모두에서 파생됩니다.