새로운 저친화성 세포외 단백질 상호작용을 위한 대규모 스크리닝

세포외 단백질-단백질 상호작용은 다세포 생물에서 세포 간 소통과 결합에 필수적입니다. 인간 유전자의 약 5분의 1이 막에 고정되거나 분비된 단백질을 암호화하지만, 최근의 대규모 단백질 상호작용 데이터 세트에는 대체로 포함되지 않아 현재의 상호작용 네트워크는 편향되고 불완전합니다. 이러한 불일치는 막 단백질과 그 상호작용의 생화학적 난치성 때문에 세포외 상호작용을 감지하는 데 널리 사용되는 고처리량 방법의 부적합성 때문입니다. 예를 들어, 세포 표면 단백질은 불용성의 소수성 막관통 영역을 포함하고 있으며, 이들의 세포외 상호작용은 종종 반감기가 1초 미만인 매우 일시적입니다. 대규모로 일시적인 세포외 상호작용을 탐지하기 위해, 우리는 AVEXIS(특별한 외부 상호작용 스크리닝)라는 고처리량 assay를 개발하였으며, 이 기술은 이러한 기술적 문제를 극복하고 반감기가 0.1초 이하인 매우 일시적인 상호작용을 낮은 거짓 양성률로 감지할 수 있습니다. 우리는 이를 사용하여 제브라피시 면역글로불린 슈퍼패밀리 내에서 수용체-리간드 쌍을 체계적으로 스크리닝하고 잘 알려진 및 고립 수용체에 대한 새로운 리간드를 확인했습니다. 수용체-리간드 쌍을 암호화하는 유전자는 종종 계통적으로 클러스터링되고 같은 조직 또는 인접한 조직에서 발현되어 이들이 유사한 생물학적 과정에 참여하고 있음을 즉시 암시합니다. AVEXIS를 사용하여 우리는 독립적인 생물학적 데이터로 뒷받침된 최초의 체계적인 저친화성 세포외 단백질 상호작용 네트워크를 규명하였습니다. 이 기술은 이제 광범위한 실험적 맥락에서 대규모 세포외 단백질 상호작용 지도를 가능하게 할 것입니다.