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액체-액체 상 분리(LLPS)에 기반한 생체 분자 응축체에 대한 이전의 전이 가능하고 예측 가능한 조대 그레인 명시적 사슬 모델을 위한 노력으로, 우리는 DEAD-box 헬리케이스 Ddx4의 N-말단 본질적으로 무질서한 영역(IDR)에 대해 다중 사슬 시뮬레이션을 수행하여 아미노산 서열에 의존적인 LLPS에서 전기적, 소수성, 양이온-π 및 방향족 상호작용의 역할을 평가했습니다. 우리는 공유 전기적 잠재력을 가진 세 가지 서로 다른 잔여-잔여 상호작용 스킴을 평가했습니다. 일반적인 소수성 스킴이나 아르기닌/라이신-방향족 양이온-π 상호작용으로 증강된 스킴은 Ddx4 IDR의 야생형, 전하가 재배열된, 페닐알라닌-알라닌(FtoA) 및 아르기닌-라이신(RtoK) 돌연변이에 대한 기존의 실험 LLPS 데이터에 대해 일관되게 설명하지 못했습니다. 반대로, 접힌 구형 단백질 구조 간의 접촉 통계에 기반한 상호작용은 RtoK 돌연변이가 훨씬 감소된 LLPS 경향을 가지는 것을 포함하여 전체 실험적 경향을 재현합니다. 시뮬레이션과 실험 간의 일관성은 P-입자 단백질 LAF-1의 RtoK 돌연변수에서도 발견되어, 중요한 LLPS 유도 π 관련 상호작용이 고전 통계적 잠재력에 내재되어 있음을 강조합니다. 그러나 특히 응축체 조립에서 페닐알라닌의 역할에 대한 추가 설명이 필요합니다. FtoA 및 타이로신-페닐알라닌 돌연변수에 대한 실험은 LLPS 유도 페닐알라닌 상호작용이 일반적인 통계적 잠재력에서 제시된 것보다 상당히 약하다는 것을 시사합니다. 단백질-단백질 전기적 상호작용은 상대 유전율에 의해 조정되며, 이는 일반적으로 수용성 단백질 농도에 따라 달라집니다. 분석 이론은 이 의존성이 응축된 상에서 단백질 간 상호작용을 강화하고 희석된 상에서 단백질-용매 상호작용을 더 유리하게 만들 수 있음을 시사합니다. 이러한 상반된 동향은 LLPS에 대한 전반적인 영향이 미미할 뿐임을 초래합니다.
Das et al. (Mon,)는 이 질문을 연구했습니다.
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