모브: 재배열이 있는 보존된 유전체 서열의 다중 정렬

유전체가 진화함에 따라, 그것들은 짧은 서열이 제기하지 않는 서열 비교에 도전하는 대규모 진화 과정을 겪습니다. 재조합은 빈번한 유전체 재배열을 초래하고, 수평 전이는 새로운 서열을 세균 염색체에 도입하며, 삭제는 유전체의 일부를 제거합니다. 결과적으로 각 유전체는 고유한 계통별 세그먼트의 모자이크, 다른 유전체의 일부와 공유되는 지역 및 고려 중인 모든 유전체에서 보존된 세그먼트로 구성됩니다. 게다가, 이러한 세그먼트의 선형 순서는 유전체 간에 뒤섞일 수 있습니다. 우리는 재배열과 수평 전이가 있는 상황에서 보존된 유전체 DNA의 식별 및 정렬을 위한 방법을 제시합니다. 우리의 방법은 모브라는 소프트웨어 패키지에 구현되었습니다. 모브는 아홉 개의 장내세균 유전체를 정렬하고 세 개의 포유류 유전체에서 전역 재배열 구조를 결정하는 데 적용되었습니다. 우리는 모브 정렬의 품질을 평가하고 유전체 진화의 광범위한 시뮬레이션을 통해 다른 방법들과 비교하였습니다.