PDBREDO: PDB 내 X-선 구조 모델의 자동 재정제화

구조 생물학, 상동성 모델링 및 합리적인 약물 설계는 정확한 3차원 거대 분자 좌표를 필요로 합니다. 그러나 단백질 데이터 은행(PDB)에서의 좌표는 최신 실험적 및 계산적 방법을 사용하여 모두 얻어진 것은 아닙니다. 본 연구에서는 PDB 내 기존 구조 모델의 자동 재정제화 방법을 제시합니다. 16,807개의 PDB 항목을 포함한 대규모 벤치마크에서 기여한 실험 X-선 데이터에 대한 적합성과 기하학적 품질 측면에서 개선이 가능함을 보여주었습니다. 재정제화 프로토콜은 TLS 모델을 사용하여 원자 동작을 설명합니다. 그 결과 생성된 구조 모델은 PDBREDO 데이터뱅크를 통해 제공됩니다 (http://www.cmbi.ru.nl/pdbredo/). 이 작업의 계산 요구 사항을 극복하기 위해 그리드 컴퓨팅 기술이 사용되었습니다.