CCTop: 직관적이고 유연하며 신뢰할 수 있는 CRISPR/Cas9 타겟 예측 도구

CRISPR/Cas9 시스템의 설계는 위치 지향형 돌연변이 유발 및 표적 유전자 수정에 대한 수많은 새로운 기회를 열었습니다. 이는 가이드 RNA의 5' 끝에서 특정성을 제공하는 20개의 뉴클레오타이드로 구성되어 있습니다. 20개의 뉴클레오타이드 서열이 주어진 게놈에서 여러 번 발생할 수 있고, 일부 불일치는 CRISPR/Cas9 복합체에 의해 수용되는 것으로 보이기 때문에, 타겟 사이트의 효율적이고 신뢰할 수 있는 온라인 선택 및 평가가 실험적 성공을 위한 필수 조건입니다. 여기서는 이미 사용 가능한 도구의 한계를 극복하기 위해 CRISPR/Cas9 타겟 온라인 예측기(CCTop, http://crispr.cos.uni-heidelberg.de)를 소개합니다. CCTop은 사용자가 쉽게 조정할 수 있는 합리적인 기본 매개변수를 갖춘 직관적인 사용자 인터페이스를 제공합니다. 주어진 질의 서열로부터 CCTop은 모든 후보 sgRNA 타겟 사이트를 비불일치 품질에 따라 식별하고 순위를 매기며, 전체 문서를 표시합니다. CCTop은 유전자 불활성화, 비상동 말단 연결 및 상동 지향 수리를 위한 실험적 검증을 받았습니다. 따라서 CCTop은 실험 생물학자에게 높은 품질의 타겟 사이트를 신속하고 효율적으로 식별할 수 있는 도구를 제공합니다.