내부 A·A, C·C, G·G, T·T 불일치가 있는 DNA 서열의 최근접 이웃 열역학 및 NMR

모든 가능한 왓슨-크릭 컨텍스트에서 A.A, C.C, G.G, T.T 단일 불일치를 가진 51 DNA 이중 나선에 대한 열역학적 측정값이 보고되었다. 이러한 측정치는 최근접 이웃 모델의 적용 가능성을 테스트하고 왓슨-크릭 쌍 옆에 있는 4개의 유사 염기 불일치에 대한 16개의 독특한 최근접 이웃 매개변수를 계산하는 데 사용되었다. 37도 C에서 불일치의 안정성에서 관찰된 경향은 G.G > T.T 약 A.A > C.C이다. 불일치의 5' 쪽에 있는 닫는 왓슨-크릭 쌍에 대한 관찰된 안정성 경향은 G.C >/= C.G >/= A.T >/= T.A이다. 이중 나선 안정성에 대한 불일치 기여는 GGC.GGC의 경우 -2.22 kcal/mol에서 ACT.ACT의 경우 +2.66 kcal/mol까지 범위가 있다. 불일치 최근접 이웃 매개변수는 DeltaG 도 37 = 3.3%, DeltaH 도 = 7.4%, DeltaS 도 = 8.1%, TM = 1.1 도 C의 평균 편차로 측정된 열역학을 예측한다. 1-D NMR 스펙트럼의 이미노 프로톤 영역은 G.G와 T.T 불일치가 왓슨-크릭 컨텍스트에 따라 달라지는 수소 결합 구조를 형성함을 보여준다. 여기에서 보고된 데이터는 이전 작업과 결합하여 단일 내부 불일치가 있는 DNA에 의한 DNA의 분자 인식을 위한 첫 번째 완전한 열역학 매개변수 세트를 제공한다. 결과는 프라이머 설계 및 3배 반복 질환의 메커니즘을 이해하는 데 유용하다.