조기 번역 종료로 유발된 mRNA 불안정화는 적어도 세 가지 시스 작용 서열 요소와 하나의 트랜스 작용 인자에 의존한다.

유전자의 넌센스 돌연변이는 해당 유전자에서 전사된 mRNA의 분해 속도를 가속화할 수 있으며, 우리는 이를 넌센스 매개 mRNA 분해(nonsense-mediated mRNA decay)라고 설명한다. 효모 PGK1 유전자의 앰버(UAG) 돌연변이를 모델 시스템으로 사용하여, 넌센스 매개 mRNA 분해가 위치 의존적임을 발견하였다. 즉, PGK1 코딩 영역의 처음 2/3 내에 있는 넌센스 돌연변이는 PGK1 전사체의 분해 속도를 12배 이하로 가속화시키지만, 코딩 영역의 카복시 말단 1/3 내의 넌센스 돌연변이는 mRNA 분해에 영향을 미치지 않는다. 또한 우리는 이 위치 효과가 (1) 번역 재개 또는 일시 정지를 위해 필요할 수 있는 넌센스 돌연변이 3' 쪽의 서열 요구사항과, (2) 번역될 때 넌센스 매개 mRNA 분해 경로를 비활성화하는 추가 서열의 존재를 반영한다는 것을 발견하였다. 이 안정화 요소는 코딩 영역 내에 위치하여 mRNA 분해에 영향을 미치는 넌센스 돌연변이의 경계를 구성한다. PGK1 넌센스 포함 전사체의 빠른 분해는 UPF1 유전자의 상태에도 의존한다. PGK1 유전자의 앰버 코돈 위치와 관계없이 UPF1 유전자 삭제는 넌센스 포함 PGK1 전사체에 대한 야생형 분해 속도를 회복시킨다.