인간 RNA 결합 단백질의 서열, 구조 및 맥락 선호

RNA 결합 단백질(RBPs)은 mRNA의 생성, 처리 및 기능을 조율합니다. 여기에서는 결합된 RNA의 깊은 시퀀싱을 통해 이러한 단백질의 서열, 구조 및 맥락 선호를 결정하는 편향 없는 분석을 사용하여 78개의 인간 RBP의 친화성 지형을 제시합니다. 이 데이터는 교차 결합 분석을 요구하지 않고 RBP 활성을 나타내는 "RNA 지도"를 구축하는 것을 가능하게 합니다. 우리는 예상치 않게 낮은 RNA 모티프의 다양성을 발견했으며, 이는 비교적 작은 RNA 모티프 세트에 대한 결합 특이성이 자주 수렴된다 는 것을 암시합니다. 그러나 이에 대한 경향을 상쇄하면서 우리는 짧은 선형 RNA 모티프와 구별되는 맥락적 특징에 대한 광범위한 선호를 관찰했습니다. 여기에는 간격이 있는 "이분법적" 모티프, 편향된 플랭킹 뉴클레오타이드 조성, RNA 구조로부터 또는 RNA 구조 쪽으로의 편향이 포함됩니다. 우리의 결과는 RNA 인식에서 맥락적 특징의 중요성을 강조하며, 이는 동일한 선형 모티프를 인식하는 다양한 RBP가 서로 다른 전사물의 독특한 하위 집합을 표적으로 삼는 것을 가능하게 할 것입니다.