MDockPeP: 아비니시오 단백질-펩타이드 도킹 서버

단백질-펩타이드 상호작용은 다양한 세포 과정에서 중요한 역할을 합니다. 단백질-펩타이드 복합체 구조는 단백질-펩타이드 상호작용의 이면에 있는 메커니즘을 이해하는 열쇠이며 펩타이드 치료제 개발에 필수적입니다. 우리는 사용자 친화적인 단백질-펩타이드 도킹 서버인 MDockPeP를 소개합니다. 펩타이드 서열과 단백질 수용체 구조에서 시작하여, MDockPeP 서버는 모든 원자와 유연한 펩타이드를 단백질 수용체에 전역적으로 도킹합니다. 생성된 모드는 통계적 잠재 기반의 점수 함수인 ITScorePeP로 평가됩니다. 이 방법은 peptiDB 벤치마킹 데이터베이스를 사용하여 체계적으로 검증되었습니다. 적어도 하나의 근본적인 펩타이드 결합 모드가 59% (85%)의 결합 사례에서 상위 10개 (또는 상위 500개) 중에 순위에 올랐으며, 40.6% (71.9%)의 어려운 비결합 사례에서도 마찬가지입니다. 이 서버는 단백질-펩타이드 복합체 구조 예측과 다른 도킹 또는 시뮬레이션 방법을 위한 단백질-펩타이드 결합 모드의 초기 단계 샘플링 모두에 사용할 수 있습니다. MDockPeP 서버는 http://zougrouptoolkit.missouri.edu/mdockpep에서 무료로 이용할 수 있습니다. © 2018 Wiley Periodicals, Inc.