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임상 감염병 연구의 패러다임 내에서, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae 및 Pseudomonas aeruginosa는 네 가지 가장 임상적으로 관련성이 높고, 따라서 가장 폭넓게 연구된 세균을 나타냅니다. 현재 이들 유기체를 식별하기 위한 배양 기반 방법은 느리고 번거롭기 때문에, 더 빠르고 정확한 분자 검출 방법에 대한 필요성이 증가하고 있습니다. 생물정보학 도구를 사용하여 962,279개의 세균 16S rRNA 유전자 서열을 정렬하고 동종 부위를 선택하여 현재까지 발표된 모든 세균 16S rRNA 서열의 93.6%를 목표로 하는 실시간 PCR 프라이머 세트를 생성했습니다. A. baumannii, E. coli, K. pneumoniae 및 P. aeruginosa의 100개 미만의 유전체 복제를 검출할 수 있는 네 가지 종 특이적 실시간 PCR 프라이머 쌍도 설계되었습니다. 모든 프라이머는 50종의 그람 양성 및 음성 세균에 대해 in vitro에서 특이성을 시험했습니다. 추가적으로, 종 특이적 프라이머는 다양한 지역과 출처에서 랜덤으로 선택한 각 종의 200개 임상 분절 패널에 대해 시험되었습니다. 배양과 실시간 PCR의 비교 결과 100% 일치를 보였습니다. 이 프라이머들은 접시 또는 배양액 배양에서 90분 이내에 양성 식별이 가능한 신속한 검사항목에 포함되었습니다. 또한, 우리의 데이터는 E. coli의 uidA 유전자와 같은 현재 목표가 서열 변이로 인해 종 특이적 유전자로 적합하지 않음을 보여줍니다. 여기서 설명된 검사는 신속하고 비용 효율적이며 정확하며, 실시간 PCR을 수행할 수 있는 모든 연구실에 쉽게 통합될 수 있습니다.
Clifford et al. (화요일) 이 질문을 연구했습니다.
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