도킹 코발ент 억제제: 포즈 예측 및 스코어링을 위한 매개변수 없는 접근법

많은 인기 있는 도킹 프로그램이 코발ент 리간드를 고려할 수 있는 기능을 포함하고 있지만, 코발ент 억제제에 대한 대규모 체계적인 도킹 검증 연구는 드물었습니다. 본 논문에서는 코발ent 억제제를 도킹하고 스코어링하기 위한 새로운 접근법의 개발 및 검증을 제시합니다. 이 방법은 전통적인 비코발ent 도킹, 코발ent 부착 포인트의 휴리스틱 형성, 단백질-리간드 복합체의 구조 정제를 포함합니다. 이 접근법은 도킹 프로그램 Glide와 단백질 구조 모델링 프로그램 Prime의 강점을 결합하며, 추가적인 코발ent 반응 유형 연구를 위한 매개변수 조정이 필요하지 않습니다. 처음에 38개의 코발ent 결합 복합체의 고유 결합 기하학을 예측함으로써 이 방법을 테스트합니다. 예측된 포즈의 평균 RMSD는 1.52 Å이며, 테스트 세트 억제제의 76%는 2.0 Å 미만의 RMSD를 가집니다. 또한, 여기에서 구성된 명백한 친화도 점수는 가상 스크리닝 연구와 두 가지 서로 다른 계열의 유사 화합물의 SAR 특성 특성화에서 만족스러운 성공을 거두었습니다.