태국에서의 이성애자 HIV-1 전염병은 아프리카 기원의 아형(A/E) 재조합으로 인해 발생한다.

1989년 이후, 인간 면역 결핍 바이러스 유형 1(HIV-1)은 태국의 이성애 인구를 통해 폭발적으로 확산되어 왔다. 이 전염병은 주로 "아형 E"로 분류되는 바이러스로 인해 발생하며, 제한된 염기서열 비교를 기반으로 하여 아형 A(가그)와 E(엔벨로프)의 하이브리드로 보인다. 그러나 "아형 E" 바이러스의 진화적 기원은 여전히 불분명하며, 완전한 유전체 분석이 이루어진 적이 없고, 계통 발생 비교를 위해 오직 하나의 완전 길이 아형 A 염기서열만 사용 가능했다. 본 연구에서는 태국(93TH253)과 중앙아프리카공화국(90CR402)에서의 "아형 E" 바이러스 및 우간다(92UG037)에서의 아형 A 바이러스의 전장 프로바이러스 염기서열을 결정하였다. 우리는 또한 클레이드 A, C, E, F 및 G를 대표하는 16개 바이러스 균주로부터 긴 말단 반복(LTR) 영역을 염기서열 분석하였다. 이러한 염기서열에 대한 상세한 계통발생 분석은 "아형 E" 바이러스가 실제로 그들의 유전체를 따라 여러 교차점에서 재조합된 A/E 재조합체임을 나타냈다. env의 세포외 부분, vif 및 vpr의 일부, 그리고 대부분의 LTR은 아형 E 기원이지만, 나머지 유전체는 아형 A 기원이다. 또한 "아형 E" 바이러스의 가그 및 엔벨로프 유래 계통발생 트리에서 불일치하는 계통적 위치가 비정상적인 진화 비율 또는 패턴의 결과일 수 있다는 가능성도 고려되었지만 두 가지 증거에 기반하여 배제되었다: (i) 동의어 및 비동의어 치환을 위해 구성된 계통발생 트리는 "아형 E" 가그 및 엔벨로프 유전자 염기서열에 대해 같은 불일치 가지 순서를 보였으며, 따라서 선택 주도 진화를 배제하였다. (ii) 바이러스 유전체 내의 여러 교차는 재조합의 복사 선택 모델과 가장 일치하며, HIV-1 아형 간 재조합의 다른 문서화된 예에서도 관찰되었다. 태국과 중앙 아프리카공화국 "아형 E" 바이러스는 동일한 A/E 모자이크를 나타내어, 재조합 사건이 아시아로의 바이러스 확산 이전 아프리카에서 발생했음을 나타낸다. 마지막으로, 모든 "아형 E" 바이러스는 그들의 트랜스활성화 반응(TAR) 요소 내에 뚜렷한 두 뉴클레오타이드 여부를 포함하고 있음이 발견되었다. 이 특징은 아형 A 5' pol 영역(즉, 아형 A 바이러스 또는 A/D 및 A/E 재조합체)을 포함한 바이러스에서만 존재하여, TAR 영역과 폴리메라제 간의 기능적 연관 가능성을 제기하였다. 재조합 HIV-1 균주의 전염병 확산이 바이러스 자연사 및 백신 개발에 미치는 결과에 대해 논의한다.