간염 B 바이러스(HBV)의 전체 유전체 염기서열 분석을 위한 Illumina 및 Nanopore 방법

간염 B 바이러스(HBV) 감염으로 인한 막대한 글로벌 부담을 해결하기 위한 개입의 발전은 바이러스 전염학, 전파, 숙주 내 다양성, 약물 내성 및 병인학에 대한 향상된 통찰력에 달려 있으며, 이 모든 것은 전체 길이의 바이러스 유전체 데이터를 대규모로 생성하여 발전할 수 있습니다. 여기에서는 HBV DNA를 농축하기 위해 등온 롤링 서클 증폭을 사용하여 원형 HBV 유전체 구조를 활용하는 프로토콜의 발전을 설명합니다. 이는 동일한 유전자의 여러 연속 복사본을 포함하는 연결체 증폭 산물을 생성합니다. 우리는 이 제품이 단일 리드로서 Nanopore 염기서열에 적합하며, 또한 짧은 염기서열의 Illumina 서열 생성을 위해 사용될 수 있음을 보여줍니다. Nanopore 리드는 단일 연결체로 결합된 여러 유전체 복사본을 비교하고 플러스 및 마이너스 가닥에서 생성된 리드를 분석하여 읽기당 오류 비율을 줄이는 오류 수정의 간단한 방법을 구현하는 데 사용할 수 있습니다. 이 접근 방식으로 우리는 99.7%의 향상된 합의 염기서열 정확성을 달성하고 내부 샘플 염기서열 변이를 해결하여 전체 유전체 하플로타입을 형성할 수 있습니다. 따라서 Illumina 염기서열이 여전히 샘플 내 다양성을 포착하는 가장 정확한 방법일 수 있지만, Nanopore 데이터는 개별 바이리온 내 다형성 간의 연관성 이해에 기여할 수 있습니다. 등온 증폭과 Nanopore 염기서열의 조합은 HBV 및 기타 바이러스에 대한 현장 테스트 개발의 매력적인 잠재력도 제공합니다.