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인기 있는 MARTINI 코어스 그레인 모델이 실험 결과와 일치하도록 주로 매개변수화된 상향식 코어스 그레인 분자 역학 모델의 통계역학적 특징에 대한 준수를 분석하기 위한 테스트 사례로 사용된다. 특히, 다양한 쌍 분포 함수의 온도 의존성과 그에 따른 평균 힘의 잠재력은 MARTINI 2.0, 드라이 MARTINI 및 특정 지질 이엽에 대해 동등한 코어스 그레인 장소에 매핑된 모든 원자 시뮬레이션 간에 비교된다. 결과적으로 MARTINI 모델은 코어스 그레인 매핑에 투영된 원자형 시뮬레이션에서 본 지질 구조를 완전히 포착하지 못하며, 이러한 평균 힘의 잠재력에 대한 잘못된 엔탈피-엔트로피 분해로 인해 정확도 및 온도 전이성 문제도 발생한다. 지질 이엽에서 두 개의 양극성 헬릭스의 결합에 대한 평균 힘의 잠재력도 계산되며, 특히 짧은 거리에서는 MARTINI와 모든 원자 투영 결과가 상당히 다르다. 전자는 훨씬 덜 반발적이며, 따라서 MARTINI 이엽에서의 헬릭스 결합 확률이 실제 모든 원자 사례에서 발생하는 것보다 더 높다. 또한 MARTINI 모델의 비막 높이 진동 스펙트럼이 계산되고, 모든 원자 결과와 비교했을 때 중간 길이 스케일에서 열적으로 평균화된 진폭의 크기가 상당히 다르며, 이는 생체막 프로세스의 현실적인 모델링에 몇 가지 가능한 결과를 시사한다. 전체적으로 여기에서 제시된 결과는 지질 이엽에서 측면 구조를 구동하는 엔탈피 및 엔트로피 구동력의 불일치와 내장된 양극성 헬릭스의 결합에서 정량적 차이를 보여주며, 이는 향후 CG 모델을 보다 나은 일치로 매개변수화하는 노력을 안내하는 데 도움이 될 수 있다.
Jarin 외. (목요일)에 이 질문을 연구했다.