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베이지안 추론을 사용하여 분자 동역학 시뮬레이션 궤적에서 복잡한 반응 좌표를 따라 자유 에너지와 위치 의존적 확산 계수의 자기 일관된 추정값을 얻습니다. 효과적으로, 확산 모델의 동역학에 대한 정확한 해가 관찰된 분자 동역학 데이터와 전 세계적으로 일치합니다. 이 접근법은 먼저 간단한 1차원 확산 모델에 대해 테스트하고, 이후 물에 용해된 펩타이드 조각의 비틀림 각 동역학에 적용됩니다. 펩타이드-물 시스템의 짧은 시간 동역학을 샘플링하기 위해 긴 평형 분자 동역학 시뮬레이션과 짧고 적절히 초기화된 복제 시뮬레이션이 사용됩니다. 두 경우 모두 자유 에너지와 확산 계수의 정확한 추정값이 얻어집니다.
Gerhard Hummer (Tue,)는 이 질문을 연구했습니다.
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