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발현 아틀라스(https://www.ebi.ac.uk/gxa)는 다양한 세포 유형, 유기체 부분, 발달 단계, 질병 및 기타 조건의 동물 및 식물 샘플에서 유전자 및 단백질 발현에 대한 정보를 제공합니다. 이는 ArrayExpress의 선택된 마이크로어레이 및 RNA 시퀀싱 연구로 구성되어 있으며, 수작업으로 정리되고, 온톨로지 용어로 주석이 추가되며, 고품질이 확인되고 표준화된 분석 방법을 사용하여 처리되었습니다. 마지막 업데이트 이후, 아틀라스는 7배 성장하였으며(2015년 8월 현재 1572 건의 연구), Human Protein Atlas, GTEx 및 FANTOM5로부터의 조직 기초 발현 프로필과 ENCODE, CCLE 및 Genentech 프로젝트에서의 암 세포주 데이터를 포함하고 있습니다. 식물 연구는 아틀라스 데이터의 4분의 1을 차지합니다. 관심 있는 유전자의 경우, 사용자는 조직에서의 기초 발현을 보고, 생물학적으로 의미 있는 쌍 비교를 위한 차별 발현을 확인할 수 있으며, 이는 아틀라스 전반에 걸쳐 일관된 방법론을 사용하여 추정됩니다. 우리의 첫 번째 단백질체 연구는 같은 조직의 전사체 데이터와 함께 표시됩니다. 새로운 분석 및 시각화에는: GO 용어, 리액톰, 식물 리액톰 경로 및 InterPro 도메인의 각 차별 비교에서의 '풍부함'; 가장 변동성이 큰 유전자와 실험 조건의 기초 발현에 대한 계층적 군집 분석; 및 특정 유전자-조건에 대한 생물학적 복제 간의 기초 발현 분포가 포함됩니다.
Petryszak 외(월요일)는 이 질문을 연구했습니다.